Բաբուխանյանը Հունանյանի միակ վստահելի մարդն է եղել ԱԺ-ում։ Քրեական գործի նյութերում, մասնավորապես, Բաբուխանյանի հեռախոսազրույցները գաղտնալսելու թույլտվություն տալու վերաբերյալ դատարանի որոշման համաձայն, «Քրեական գործի նախաքննության ընթացքում ձեռք են բերվել տվյալներ այն մասին, որ 1999թ. սեպտեմբերի վերջին կամ հոկտեմբերի սկզբին Նաիրի Հունանյանը ՀՀ ԱԺ շենքում հանդիպել է ՀՀ ԱԺ պատգամավոր Հայկ Բաբուխանյանին և նրա հետ քննարկել հանցագործության կազմակերպմանը և իրականացմանը առնչվող հարցեր»։
Բաբուխանյանի վերաբերյալ ուշագրավ ցուցմունքներ են տվել նաև վկաները։ Կարեն Դեմիրճյանի վարորդ Միշա Ասատրյանը հետևյալ ցուցմունքն է տվել. «Ահաբեկչությունից մի քանի րոպե հետո ԱԺ նախագահի կաբինետ են մտել մոտ 5-6 մարդ, որոնցից ճանաչում եմ Խոսրով Հարությունյանին և Հայկ Բաբուխանյանին։ Նրանք մեզ անմիջապես դուրս են հանել... Դուրս եմ եկել ընդունարան։ Մոտ 5-7 րոպե հետո ընդունարան դուրս եկավ Հ.Բաբուխանյանը և հայտարարեց, որ այլևս չկան ոչ Վ.Սարգսյանը և ոչ էլ Կ.Դեմիրճյանը։ Նա դա ասաց հեգնանքի տոնով, որից վրդովվել և նրան նկատողություն եմ արել իր տոնի համար։ Նա ոչինչ չպատասխանեց»։ Ըստ քրգործի նյութերի՝ «Ռ. Տոնոյանի ցուցմունքի համաձայն, Ն.Հունանյանը պարբերաբար զրուցել է Բաբուխանյանի հետ, ցածրաձայն առանձին ինչ-որ հարցեր են քննարկել», «Դ.Զադոյանի ցուցմունքի համաձայն, Բաբուխանյանը ազատ ելք ու մուտք է ունեցել դահլիճ, ինքը վատ է զգացել, սակայն իրեն դուրս են թողել միայն Բաբուխանյանի միջամտությամբ», «Գ.Դավթյանի ցուցմունքի համաձայն, երբ Ն.Հունանյանը հանձնարարել է Բաբուխանյանին գնալ և կանչել տղաներին (սպասվող ուժերին), նա չի հարցրել, թե ինչ տղաների մասին է խոսքը»։
