Արցախի հարցում հորինված մեղադրանքներից բացի, Տեր-Պետրոսյանի ղեկավարման ժամանակաշրջանը քննադատվում էր նաև ատոմակայանը փակելու ու էներգետիկ ճգնաժամ հասունացնելու հարցում: Լիովին աղավաղելով փաստերը, հայտարարում էին, թե իբր ատոմակայանը փակել են «Ղարաբաղ կոմիտե»-ի անդամները, կամ, նույնիսկ, անձամբ Տեր-Պետրոսյանը:
1988թ.-ի դեկտեմբերի 7-ի երկրաշարժից հետո սկսվեցին շրջանառվել լուրեր, թե տեղի ունեցածը իրականում ոչ թե բնական երկրաշարժ էր, այլ հետևանք էր ատոմակայանի անսարքության, որ դա ատոմակայանում տեղի ունեցած պայթյուն էր, և որ դա հույժ գաղտնի է պահվում հասարակությունից: Իհարկե սա միֆ էր: Բայց ատոմակայանը իրոք գտնվում է հանրապետության ամենավտանգավոր սեյսմիկ գոտում, իսկ այդ ժամանակահատվածում, մի քանի ամիս շարունակ, գրեթե ամեն րոպե գրանցվում էին տարբեր ուժգնությամբ ցնցումներ: Այս ամենը տրամաբանորեն հանգեցրեց նրան, որ հենց ժողովուրդը, Արցախի հարցով կազմակերպված հանրահավաքներում, արդարացիորեն սկսեց պահանջել, որպեսզի ատոմակայանը փակեն: Ստեղծվեց հատուկ հանձնաժողով, որը պիտի քննարկեր այդ հարցը:
ԽՍՀՄ մինիստրների խորհրդի նախագահ, երկրաշարժի հետևանքների վերացման հարցերով զբաղվող հանձնաժողովի նախագահ, հետագայում ՀՀ ազգային հերոս Նիկոլայ Ռիժկովը այդ ժամանակ ատոմակայանի փակման մասին բառացիորեն հայտարարել էր հետևյալը. «Եթե այսօր ատոմակայանը փակվի, ապա գործնականորեն Հայաստանում ԿՅԱՆՔԸ ԿԱՆԳ ԿԱՌՆԻ»:
Այնուամենայնիվ ատոմակայանը փակվեց: Գործընթացը սկսվեց 1989թ.-ի փետրվարի 25-ին ու ավարտվեց մարտի 18-ին: Սկսվեցին քննարկումներ, թե ընդհանրապես որքանո՞վ էր թույլատրելի նման վտանգավոր գոտում կառուցել ատոմակայան, որքնաո՞վ էր կառուցված ատոմակայանը համապատասխանում միջազգային նորմերին ու այլ նմանատիպ ժամկետնանց թեմանրով:
Իսկ ինչ վերաբերվում է այդ ժամանակահատվածում «Ղարաբաղ կոմիտե»-ի գործունեությանը, ապա «Ղարաբաղ կոմիտե»-ի անդամները, այդ թվում Լևոն Տեր-Պետրոսյանը, 1988թ-ի դեկտեմբերից մոտ 6 ամիս բանտարկված են եղել Մոսկվայում: Ու թե ինչպե՞ս նրանք պիտի ատոմակայան փակեին, կամ, որքանո՞վ է Տեր-Պետրոսյանը պատասխանատու Հայաստանի 1991-1995թթ.-ի էներգետիկ ճգնաժամի համար. այդ հարցերը քննարկման առարկա են բացառապես ֆանտազիայի ժանրում:
