Շահեն Մեղրյանի մարտական ուղին սկսվել էր դեռ 1988թ-ին: Այն ժամանակ Շահեն առաջիններից էր, որ զգաց, թե առանց մարտական ջոկատների անհնար է պաշտպանել իր հարազատ շրջանը և սկսեց կազմակերպել զինված ջոկատներ: 1990թ. հունվարի 9-ին Շահումյանի շրջանի ղեկավարությունն ամբողջությամբ գերի է վերցվում թշնամու կողմից` Մարտունաշենի ճանապարհին: Շրջանի ինքնապաշտպանության առաջին գործողությունը տեղի ունեցավ Մանաշիդ գյուղում, 1990թ. հունվարի 12-13-ին, երբ ազերիները փորձեցին գյուղը տեղահանել, շրջանի նորաստեղծ խմբերը հետ շպրտեցին նրանց գյուղի սահմաններից: Թշնամին մեծ կորուստներ տվեց այդ մարտում: 1991թ.-ին սակայն, երբ տխրահռչակ «կոլցո» օպերացիայից հետո ընկավ Գետաշեն-Մարտունաշենը, Շահումյանի դրությունը կտրուկ վատացավ: 1991թ. հունիսին ազերիները, ռուսների օգնությամբ, գրավեցին շրջանի 3 գյուղերը` Էրքեջ, Բուզլուխ, Մանաշիդ, բայց Շահենը` իր ջոկատների հետ կազմակերպեց օպերացիա, որի արդյունքում սեպտեմբերի 11-13-ին ազատագրվեցին Էրքեջ, Բուզլուխ, Մանաշիդ գյուղերը: Այդ օպերացիան առաջինն էր ԼՂՀ-ում, երբ արցախյան ազատամարտիկները կարողացան իրենց ուժերով, գրավված տարածքները, ազատագրել: Մոտ երկու ամիս հետո, Շահենի գլխավորությամբ «մաքրվեց» Թոդան ադրբեջանական գյուղը: ԼՂՀ հյուսիսային մասում հայդուկային շարժման հիմքը, ըստ մ,արտական ընկերների, ևս Շահենի շնորհիվ դրվեց. 1992թ.հունիսի 13-ին բռնի տեղահանումից հետո, Շահենը կարողացավ Հաթերք գյուղում իր շուրջը հավաքել մի խումբ տղաներ` թվով 25 հոգի և այդ տղաների հետ մտավ թշնամու թիկունք: Նրանց օգնությամբ ազատագրվեցին Մարտակերտի մի շարք գյուղեր` Հաթերքը, Ակնաբերդը, Մադաղիսը, Տոնաշենը, Դաստագիրը, Սարսանգի ջրամբարը:
Գյուրան բոյի պարտությունը Սարսանգի ջրամբարի մոտ, թե ինչպես էին ազերիները խուճապահար փախչում, նկարահանել է օտարազգի օպերատոր Նևզորովը և անգամ ցուցադրել ՌԴ հեռուստաալիքներով: «Այդ հաղթանակը Շահենինն էր ու իր հայդուկներինը»,- ասում են ընկերները: Սրան ևս մեկ հաղթանակ հաջորդեց. 1993թ. ապրիլին ազատագրվեց Գյուլիսատնը և վերցվեցին դեպի շրջան տանող բոլոր բարձունքները: Շահենը պատրաստվում էր ՀՀ գալուց հետո ազատագրել հարազատ շրջանը, բայց 1993թ. ապրիլի 17-ին, երբ ուղղաթիռով իր մի քանի տղաների հետ գալիս էր Երևան, ուղղաթիռը խփվեց ... բոլորը զոհվեցին: Մարտական ընկերները նկատում են, թե եթե Շահենը չզոհվեր, Շահումյանը մեր ձեռքում կլիներ: Ընկերներն իրենց բնութագրումներում մոռացան մի հետաքրքիր դրվագ, ուստի դա ինձ կվերապահեմ. Շահենը Մեղրյանը Հայրենիք բառը միշտ մեծատառով էր գրում:
