1944 թ.-ի հոկտեմբերի վերջերին խորհրդային «Սմերշ» բանակային հակահետախուզության գլխավոր վարչության աշխատակիցների կողմից Նժդեհը ձերբակալվում է՝ կասկածվելով Գերմանիայի հետ գաղտնի կապեր ունենալու համար: Նրան տեղափոխում են Բուխարեստ, այնտեղից՝ ինքնաթիռով Մոսկվա և բանտարկում Լյուբյանկայում։ 1946թ.-ի նոյեմբերին Նժդեհին Մոսկվայից ուղարկում են Երևան, ուր դատաքննությունը ավարտվում է 1948թ.-ին, իսկ դատավճիռը կայացվել է ապրիլի 24-ին, Նժդեհը դատապարտվում է 25 տարվա բանտարկության՝ ժամկետը հաշված 1944թ.-ից: Նժդեհը պետք է մահանար բանտարկության առաջին իսկ տարում, ինչին, ի դեպ, համառորեն ձգտում էին նրան տարիներ շարունակ հոգեբանական մահապատժի ենթարկած դահիճ-քննիչները: Բայց նա կարողացավ տանել բանտի 11 ծանր տարիները, որից 9 տարին, ի դեպ, նրան արգելված էր որևէ նամակագրական կապ իր մերձավորների հետ: Միայն հոգեկան վիթխարի ուժի և հզոր կամքի տեր մարդը կարող էր դիմանալ նման իրավիճակում և պահպանել հոգեկան անդորրը:
Նժդեհը մահացավ 1955թ.-ի դեկտեմբերի 21-ին Վլադիմիրում, որոշ չափով կատարվեց Նժդեհի երազանքը:
Նրա բանտակից ընկերը պատմում է, որ Նժդեհը, զգալով մոտալուտ մահը, խնդրել է իրեն բարձրացնել ձեռքերի վրա, որպեսզի «կարելի չլինի իր մահը օտար հողի վրա»: Այդպես էլ մահացել է` բանտակիցների ձեռքերին, բայց ոչ օտար հողի վրա` երազանքը չիրագործած. «Աստված, որքան կուզեի հանգչել Հայաստանում` նայելով Արարատին...»
Ստանալով բանտային վարչության հեռագիրը Նժդեհի մահվան մասին՝ եղբայրը՝ Լևոն Տեր-Հարությունյանը, Երևանից շտապ մեկնում է Վլադիմիր։ Նրան հանձնվում են եղբոր զգեստն ու ժամացույցը, իսկ ձեռագրերը՝ ոչ։ Թույլ չի տրվում նաև մարմինը տեղափոխել Հայաստան։ Լևոնը կատարում է եղբոր թաղումը, գերեզմանը ցանկապատել տալիս ու տախտակի վրա ռուսերեն պատվիրում գրել՝ Տեր-Հարությունյան Գարեգին Եղիշի (1886-1955)։
Մեծ հայորդու աճյունը Հայաստան է տեղափոխվել 1982 թվականին, ամփոփված է Սպիտակավոր եկեղեցում:
