В качестве одного из оправданий уничтожения оттоманских армян использовалось биологическое обоснование. Армяне именовались «опасными микробами», им присваивался более низкий биологический статус, чем мусульманам. Главным пропагандистом этой политики был доктор Мехмет Решид, губернатор Диарбекира, первым распорядившийся прибивать подковы к ногам депортируемых. Решид практиковал также распятие армян, имитируя распятие Христа. Официальная турецкая энциклопедия 1978 года характеризует Решида как «прекрасного патриота».
Отсутствие приемлемых бытовых условий и медикаментов привело к распространению в турецкой армии эпидемий, унесших жизнь каждого десятого солдата. По распоряжению врача Третьей армии Тевфика Салима (тур.) для разработки вакцины против сыпного тифа в центральной больнице Эрзинджана проводились эксперименты над армянскими солдатами и кадетами военных училищ, большинство из которых погибло. Косвенные свидетельства указывают на участие в этих экспериментах и Бехаэддина Шакира.
Эксперименты непосредственно проводил профессор медицинской школы Стамбула Хамди Суат (тур.), вводивший пациентам кровь, заражённую тифом. После окончания войны во время рассмотрения этого дела стамбульским трибуналом Хамди Суат был помещён в клинику медицинской школы на принудительное лечение по причине «острого психоза».
Сегодня в Турции Хамди Суат считается основателем турецкой бактериологии, и ему посвящён мемориальный дом-музей в Стамбуле. Его эксперименты были одобрены главным санитарным инспектором Оттоманских вооружённых сил Сулейманом Нуманом (тур. Süleyman Numan). Эксперименты вызвали протесты немецких врачей в Турции, а также нескольких турецких врачей. Один из которых, Джемаль Хайдар (тур. Cemal Haydar), лично присутствовавший при экспериментах, в открытом письме министру внутренних дел в 1918 году охарактеризовал их как «варварские» и «научные преступления». Хайдара поддержал главный врач больницы Красного полумесяца Эрзинджана доктор Салахеддин, предложивший властям помощь в розыске виновных в организации и проведении медицинских экспериментов.
Министерство обороны отвергло эти обвинения в свой адрес, однако Хайдар и Салахеддин подтвердили показания. Хайдар повторил об убийствах сотен армян в результате медицинских экспериментов, а по заявлению Салахеддина, на него оказывалось давление с целью заставить его замолчать. В результате политической неразберихи переходного периода организаторам эксперимента удалось избежать наказания. Хамди Суат впоследствии опубликовал результаты своих исследований, где описывались эксперименты над «осуждёнными преступниками».
В результате расследования, проведённого военным трибуналом 1919 года, стали также известны факты отравления армянских детей и беременных женщин руководителем санитарно-гигиенических служб и департамента здравоохранения Трапезунда Али Сейбом (тур. Ali Saib). Отказывающихся принимать яд насильно заставляли принимать его или топили в море. Выживших после депортации армян, добравшихся до лагерей Месопотамии, Сейб убивал, вводя им смертельную дозу морфия или отравляющих веществ. Французские и турецкие свидетели подтверждали факты отравления детей в больницах и школах. Сейбом использовались также мобильные паровые бани (тур. Etüv), в которых детей убивали перегретым паром.
