Использование таких сканеров в аэропортах вызывает множество этических вопросов и возмущение организаций по защите частной жизни, поскольку позволяет увидеть детали контура тела человека, включая гениталии. Однако ранее управление транспортной безопасности США (TSA) заявляло, что сканеры не позволяют сохранять, распечатывать или передавать полученные изображения, убеждая пассажиров пользоваться этим более быстрым методом досмотра.
Как отмечает EPIС, сохранять и пересылать полученные сканы можно только в тестовом режиме оборудования. Однако из документов не совсем ясно, кто и когда может включить такой режим. Говорится, что доступ к тестовому режиму имеют обладатели «уровня безопасности Z», в число которых входят представители штаб-квартиры TSA, обслуживающие оборудование техник и «суперпользователи». При этом число пользователей полноразмерных сканеров с разными уровнями доступа может достигать 10 тыс. человек. EPIC опасается, что при возможности сохранять информацию на жестком диске сканера и передавать ее по интернету трехмерные изображения голых пассажиров окажутся в руках хакеров.