ՊԵԿ համակարգի բարեփոխումը դարձել է ժամանակի պահանջ, որը թույլ կտա նվազեցնել վարչարարությունը և նվազեցնել կոռուպցիոն ռիսկերը: Այդ իսկ պատճառով կառավարությունը փոփոխություններ է կատարել նախկինում ընդունած որոշումներից մեկում՝ կոմիտեի կանոնադրության մեջ և աշխատակազմի կառուցվածքում: Այս փոփոխությամբ նախատեսվում է կատարել կառուցվածքային փոփոխություններ, որոնց իրականացման հարցում առաջնահերթ են լինելու հարկային վարչարարության կատարելագործումը, կոմիտեի համակարգի ռեսուրսների առավել արդյունավետ օգտագործումը, կոռուպցիոն ռիսկերի նվազեցումը, կոմիտեի գործառույթների առավել լիարժեք և նպատակային իրականացումը:
Կառուցվածքային փոփոխություների համատեքստում նախատեսվում է լուծարել հարկային (տարածքային) տեսչությունները` վերջիններիս փոխարեն ստեղծելով թվով 3 վարչություններ, և դրանք ներառել կոմիտեի աշխատակազմի կառուցվածքային ստորաբաժանումների կազմում` որպես վերադաս հարկային մարմնի ստորաբաժանումներ: Կրճատվելու է նաև մաքսատների թվաքանակը և դրանք` որպես վերադաս մաքսային մարմնի վարչություններ: Կոմիտեի կառուցվածքային ստորաբաժանումներից նախատեսվում է լուծարել Ակցիզային դրոշմանիշերի և դրոշմապիտակների հաշվառման բաժինը` հաշվի առնելով այն հանգամանքը, որ վերջինիս գործառույթներն իրականացվելու են ստեղծվելիք Հարկ վճարողների սպասարկման վարչության, Փոքր հարկ վճարողների, ինչպես նաև Խոշոր և միջին հարկ վճարողների տեսչություն-վարչությունների կողմից: Միաժամանակ նախատեսվում է կոմիտեի աշխատակազմում ստեղծել Ոչ առևտրային կազմակերպությունների հսկողության բաժին:
