Նինձյաներին` միջնադարյան Ճապոնիայի առասպելական լրտեսներին և վնասահարույցներին, վերագրում էին ամենաանհավանական այնպիսի ունակություններ, որոնք առողջ բանականության տեսանկյունից անկարելի էին. իբր նրանք կարող էին թռչունների պես թռչել, սարդերի պես բարձրանալ պատերին և առաստաղներին, ջրի վրայով քայլել այնպես, ինչպես ցամաքի վրայով, վերածվել կենդանիների, սպանել գոռոցով կամ հայացքով, անէանալ ծխի քուլաներում, երբեմն էլ բոլորի աչքերի առաջ պարզապես հալչում-կորչում էին օդում:
Նինձյաները միշտ նվիրված էին միայն իրենց դասին, այլ ոչ թե ֆեոդալներին, ում մոտ ծառայության էին անցնում: Նրանք ամեն ինչից բարձր էին գնահատում արդյունքը և ոչ թե դրան հասնելու եղանակները: Նինձյայի մարտարվեստի հիմքը ոչ ստանդարտ և անկանխատեսելի գործողություններն էին. սպասելով հարմար պահի` նրանք հակառակորդին անակնկալի էին բերում: Սամուրայի տեսանկյունից՝ դրանք «նենգ հնարքներ» էին, մարտ առանց կանոնների: Իսկ նինձյաները գտնում էին, որ մարտում չկան այլ կանոններ, բացի ցանկացած գնով հաղթելու կանոնից: Նինձյան միշտ գերադասում էր մենակ գործել, սակայն նա երբեք իրեն միայնակ չէր զգում, քանի որ իրեն միշտ համարում էր իր դասի, ավելին` հենց բնության մի մասնիկը…
Բազմաթիվ տեսություններ կան այն մասին, թե ինչպես է ի հայտ եկել նինձյուցուն: Ի հակադրություն սամուրայների՝ վերնախավի մարտարվեստի` նինձյայի արվեստը զարգացել է գաղտնի, ինչի պատճառով այն դարեր շարունակ ուղեկցվել է գաղտնիքներով, հանելուկներով և փաստերի մտացածին աղավաղումներով:
Ըստ վարկածներից մեկի` նինձյուցուն սկիզբ է առել Իգա և Կոգա արվարձանների վայրի և վտանգավոր լեռներում, որտեղ թաքնվում էին փախստականները, դասալիքները և օտարերկրացիները: Մեկ այլ վարկածով` նինձյուցուն ստեղծել են ծովահենները:
«Գաղտնի արվեստի» ծագման տեսություններից մեկի համաձայն էլ` նինձյուցուի սկզբնավորողները վանական-մարտիկներն (սոխեյ) էին, ովքեր ճակատագրի կամոք, որպես լրտեսներ և վնասահարույցներ, ներգրավվել են ֆեոդալական գժտություններում: Ոմանք էլ ասում են, որ նինձյուցուն ծագել է շատ վաղ ժամանակներում, երբ միապետ Ձինմուն պալատին կից ստեղծեց սինոբի-խո` գաղտնի ոստիկանության կամ հետախուզության պես մի բան:
Յուրաքանչյուր կլան կամ դպրոցի գլուխ կանգնած էր ձենին` դպրոցի ավանդույթների և գաղտնիքների պահապանը, գերագույն ղեկավարն ու հոգևոր ուսուցիչը: Առօրյա կենցաղային հոգսերը, երիտասարդների մարզումներն ու մարտական որոշակի գործողությունների ղեկավարումը հանձնարարվում էր տյունինին` նինձյայի աստիճանակարգի միջին օղակին: Հիմնական զանգվածը շարքային կատարողներն էին` գենինները: Նինձյաների կլանի մեջ հաճախ մտնում էին ռոնինները:
