Ранее считалось, что этот вид пресноводных дельфинов делится на две группы: Inia boliviensis и Inia geoffrensis. Однако ученые доказали, что животные, живущие в Арагуае, не смешивались с другими представителями своего рода уже около двух миллионов лет и являются отдельным видом.
Inia araguaiaensis отличаются от других дельфинов структурой ДНК и формой черепа.Зоологи опасаются за судьбу нового вида дельфинов, так как из-за низкой популяции и деятельности человека им грозит вымирание.

