Ալիևը նաև փոփոխություններ է մտցրել պետական սահմանապահ ծառայության կանոնակարգում: Փոփոխությունների համաձայն` սահմանապահ զորքերի հրամանատարի պաշտոնը լուծարվել է: Պետական սահմանապահ ծառայությունը կղեկավարի ծառայության պետը: Նաև` պետական սահմանապահ ծառայությունում նշանակումներ և պաշտոնանկություններ կիրականացվեն Ադրբեջանի նախագահի հրամանով` պետական սահմանապահ ծառայության պետի առաջարկով: